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上海圻明生物:PCR引物設計八點決竅
閱讀:551 發(fā)布時間:2017-8-27PCR引物設計八點決竅
(1)引物長度
引物長度對反應特異性、解鏈溫度、退火時間都有較大的影響,zui終影響到 PCR 反應是否成功。多數(shù)情況下,引物長度約 18~30bp, 引物太短會導致非特異擴增,太長雖然會增加特異性,但是二級結構(如發(fā)夾結構)出現(xiàn)的概率增大。
(2)引物的解鏈溫度
PCR 反應的特異性很大程度上依賴于引物的解鏈溫度(Tm 值)。多數(shù) PCR 反應*的 解鏈溫度應在 55~60℃,如果沒有其他不穩(wěn)定因素,引物的 Tm 值取決于它的長度、序列組成和濃度,離子強度的影響可以忽略不計,因為不同的 PCR 反應鹽濃度變化不大。
一個反應中所有引物的解鏈溫度應盡可能接近。對于多數(shù) PCR 反應而言,引物之間的差應小于 2~3℃。差值增大,反應效率會降低,甚至直接導致反應失敗。因為 Tm 值髙 的引物在低于退火溫度的條件下錯配,而 Tm 值低的引物在髙于退火溫度的條件下與模板只有低濃度結合。
可利用以zui近鄰熱力學理論為基礎的公式估算 Tm 值,該理論分析了復式解鏈的熱力學過程。
Tm = [△H/△S-RIn(c)]-273.15(公式 1)
復式構成物中焓變(△H)和熵變(△S )可借助于zui近鄰熱力學參數(shù)計算,為摩爾氣體常數(shù),c 為寡核苷酸的物質(zhì)的量濃度。該分析可確定特定的焓和熵對復式構成物的自由能 的影響,該影響由序列中的「zui近鄰」造成。zui近鄰從 5 末端起始,焓和熵的效應是加性的。在式(1)中加人另一個條件,以經(jīng)驗性地計算鹽對復式構成物的穩(wěn)定性的影響。